年末調整システムおすすめ比較5選｜料金と電子申告の対応で選ぶ

年末調整システムとは、従業員から扶養控除申告書や保険料控除申告書の情報をWeb上で集め、控除額と税額を自動計算して源泉徴収票の作成・電子申告までを行うSaaSです。

年末調整の実務が重いのは、対象者全員から期限までに書類を集めなければならないからです。扶養家族の情報、保険料控除証明書、住宅ローン控除——集める情報は人によって違い、記入もれがあれば差し戻して再提出を待つことになります。

年末調整システムは、この工程を「従業員がスマートフォンで質問に答える」形に置き換えます。回答内容から控除額が自動計算されるため、担当者は回収状況の確認と最終チェックに専念できます。掲載5サービスはいずれも質問形式の入力に対応しており、オフィスステーション 年末調整は「はい／いいえ」形式で最短3分、freee人事労務はLINEからの回答にも対応します。

年額課金の専用型は、年末調整に特化したソフトです。オフィスステーション 年末調整がこれにあたり、必要な機能だけを選べるアラカルト型なので年末調整だけを単体で導入できます。年1回の業務に対して年額で課金するため、使わない時期の費用が発生しません。

労務SaaS一体型は、労務・給与サービスの一機能として年末調整を持ちます。マネーフォワード クラウド年末調整、freee人事労務、SmartHR、ジョブカン労務HRが該当します。給与データや従業員情報とそのまま繋がる利点がある一方、年末調整を使わない時期も月額が発生し、年末調整だけを切り出して契約することはできません。

1. 単体で入れるか、労務・給与ごとまとめるかを先に決める。すでに労務SaaSを使っているなら、その機能で足りるかを最初に確認する
2. 自社の人数での年額で比べる。有料プランどうしでも、10名で11,000円〜111,936円と10倍近い差が出ます
3. 電子申告の対応範囲を確認する。freee人事労務は従業員の分散入力と電子申告がスターター以上です
4. 従業員の入力方法を見る。スマートフォンだけで完結するか、LINEに対応するかが回収率を左右します
5. 給与計算との連携を確認する。年末調整は給与の支給実績がないと完結しません

掲載5サービスのうち、料金を公開していて1名あたりの月額に換算できる4サービスで集計しました（税抜）。

料金公開率は80%（5社中4社）です。SmartHRは有料プランの料金を公開しておらず、個別見積りとなります。

「月額換算」に注意

最安の42円は、オフィスステーション 年末調整の年額550円（税込＝税抜500円）を12で割った数字です。公式サイトで大きく表示される550円は月額ではなく年額で、支払いも年1回にまとめて行います。通年で月額が発生する他社とは前提が違うので、単価の比較ではなく次章の年額での比較を見てください。

見落としがちな追加コスト

• 登録料：オフィスステーション 年末調整は初回のみ110,000円（税込）
• 最低料金：マネーフォワード クラウド年末調整は4名以上ならビジネスプランが前提で、基本料金が年払いで月額6,480円（月払いは7,980円）。ジョブカン労務HRは月額2,000円が下限
• プランの制約：freee人事労務のミニマムプランでは従業員の分散入力ができません
• 人数追加の可否：マネーフォワードのスモールビジネスプランはアカウント追加不可。4名以上はビジネスプランが前提です
• 公開料金の範囲：マネーフォワード クラウド年末調整で公開されている料金は従業員50名以下が目安で、51名以上は要問い合わせです

各社の公式の課金モデルをもとに、当メディアが年間コストを試算しました。オフィスステーション 年末調整だけが公式で税込表記のため、金額は税込に揃えています。年払いのあるマネーフォワードとfreeeだけを割引後の額にすると不揃いになるので、並びは月払いで統一し、年払いの額は備考に添えました。

従業員10名

従業員50名

従業員100名

上の額は2年目以降のものです。初年度はオフィスステーション 年末調整だけに登録料110,000円（税込）が加わり、10名で121,000円、50名で137,500円、100名で165,000円になります。登録料は初回のみなので、1年目だけで判断すると実態を見誤ります。

年末調整に特化した専用ソフトと、給与計算まで含む労務SaaSでは、そもそも料金に含まれる範囲が違います。freee人事労務の803,880円には給与計算・勤怠・労務手続きが、マネーフォワード クラウド年末調整の金額には会計や給与を含むクラウド一式が含まれており、年末調整だけの費用ではありません。年末調整だけを電子化したいのか、労務・給与ごとまとめたいのかによって、どの数字を見るべきかが変わります。

常設の無料プランがあるのは、掲載5サービスのうち2つです。

SmartHR（年末調整）の¥0プランは従業員30名以下が対象で、期限なく使えます。労務管理プランと同じ機能が範囲に入るため、年末調整もここに含まれます。使えないのはチャットサポートと有料オプション機能で、従業員が31名を超えると有料プランの見積りが必要になります。

ジョブカン労務HR（年末調整）は5名まで無料です。ただし作成した手続きの保存期間が30日で、外部連携にも制限があります。年末調整のデータは翌年以降に参照することがあるため、本格運用には有料プランが推奨されます。

無料トライアルは5サービスすべてにあります。オフィスステーション 年末調整は300名まで30日間・機能制限なし、SmartHRは15日間（人数制限なし・クレジットカード登録不要）、マネーフォワード クラウド年末調整は1か月（クレジットカード登録不要）です。年末調整は年1回の業務なので、実際の申告時期に試せるかが判断のしやすさを左右します。

料金は各社の公式表記のままで、オフィスステーション 年末調整のみ税込です。マネーフォワード クラウド年末調整で公開されている料金は従業員50名以下が目安です。

〜20名：費用をかけたくないなら、従業員30名以下が対象のSmartHR（年末調整）の¥0プランで0円に収まります。5名までならジョブカン労務HRの無料プランでも試せます。有料で選ぶ場合は、オフィスステーション 年末調整の年額一律11,000円（税込）が最も安く、年間1万円台で年末調整だけを電子化できます。

21〜100名：30名以下であればSmartHRの¥0プランがそのまま使えます。年末調整だけを切り出すならオフィスステーション 年末調整で、50名なら年27,500円、100名なら年55,000円です。労務や給与ごとまとめたい場合、マネーフォワード クラウド年末調整は50名で年164,736円ですが、公開されている料金は従業員50名以下が目安で、51名以上は要問い合わせになります。

101名以上：人数が増えるほど1名あたりの単価が効いてきます。オフィスステーション 年末調整は5,000名まで公開料金の範囲です。労務・人事全体を一体で運用したい場合は、SmartHRやマネーフォワード クラウド年末調整の見積りを取って比較する段階になります。

• 年1回の業務に通年で払う場合がある：労務SaaSの一機能として使う場合、年末調整を使わない時期も月額が発生します
• プランによって使える範囲が変わる：freee人事労務のミニマムでは従業員の分散入力ができません。SmartHRの¥0プランは従業員30名以下が対象で、31名を超えると有料プランの見積りになります
• 初期費用がかかる場合がある：オフィスステーション 年末調整は初回のみ登録料110,000円（税込）
• 公開されている料金に範囲がある：マネーフォワード クラウド年末調整の公開料金は従業員50名以下が目安で、51名以上は問い合わせないと金額が分かりません
• 従業員が入力しないと完結しない：スマートフォンだけで回答を終えられるかを、トライアルの段階で確かめる必要があります

1. 範囲を決める：年末調整だけを電子化するのか、労務・給与も含めるのかを決める。ここで候補が絞られます
2. 試算する：自社の人数で年額を出す。登録料・最低料金・プランの制約を含めて、最低2年ぶんで見る
3. トライアル：従業員側の回答画面と、担当者側の進捗管理画面の両方を試す
4. 周知：従業員に入力方法を案内する。スマートフォンで完結できることを伝えると回収が早まります
5. 本番運用：回収状況を見ながら未提出者に催促し、給与計算・源泉徴収票の作成へつなげます

年末調整システムは、年1回の業務にいくら払うかという視点で選ぶと判断がぶれません。

年末調整だけを安く電子化したいならオフィスステーション 年末調整（10名で年11,000円・税込）、従業員30名以下で費用をかけたくないならSmartHRの¥0プラン、会計・給与をマネーフォワードで揃えているならマネーフォワード クラウド年末調整、給与計算から一気通貫にしたいならfreee人事労務、入退社手続きもまとめるならジョブカン労務HRが候補になります。

まずは自社の人数で年額を出し、登録料や最低料金を含めた2年ぶんの総額で比べてみてください。そのうえでトライアルで従業員側の入力画面を確かめれば、回収率まで含めた判断ができます。

料金・仕様は変更される場合があります。契約前に各公式サイトで最新情報をご確認ください。