マイナンバー管理システム
マイナンバー管理システムとは、従業員や扶養家族、個人の取引先からマイナンバーを収集し、暗号化して保管し、利用履歴を記録して、保管期限が来たら廃棄するまでを扱うシステムです。法令が求める安全管理措置を仕組みとして担保します。
マイナンバー管理システムとは
マイナンバーは、他の個人情報とは扱いが違います。収集できる目的が限られ、保管には安全管理措置が求められ、必要がなくなれば廃棄しなければなりません。紙で集めて金庫に入れる運用でも成立はしますが、誰がいつ見たかの記録や、退職者の分の廃棄漏れまで管理し続けるのは現実的ではありません。
選ぶときの分かれ目は3つです。誰の番号を集めるか（従業員だけか、扶養家族や個人の取引先まで含むか）、安全管理措置をどう担保するか（認証の取得状況）、そして費用です。この3つはトレードオフの関係にあります。
費用の幅は大きく、1名あたりの単価は最安100円・中央値125円・最高400円です。ただし定額制のサービスもあり、当メディアの試算では100名時点の年間コストはフリーウェイマイナンバー23,760円からマネーフォワード クラウドマイナンバー120,000円まで開きます。安いサービスほど対象範囲が狭い傾向があります。
マイナンバー管理システムの検索需要トレンド
11月から2月にかけて高まり、初夏に落ち着く周期が2年とも同じ形で出ています。年末調整と確定申告でマイナンバーを扱う時期と重なるためで、収集や保管の体制を見直すなら、この繁忙期に入る前の夏から秋が動きやすい時期です。（出典：Googleトレンド／キーワード「マイナンバー」）
マイナンバー管理システムの料金相場
当メディアが掲載5サービスを調査した、最安有料プラン（1ユーザー月額・税抜／年払い換算）の料金相場です。単価は横並びでも、最低月額や無料条件で規模別の実額は変わります。
| 企業規模 | 年間コスト（最安） | 業界中央値 |
|---|---|---|
| 従業員10名 | 30,000円／年〜 | 中央値 48,000円／年 |
| 従業員50名 | 23,760円／年〜 | 中央値 67,500円／年 |
| 従業員100名 | 23,760円／年〜 | 中央値 135,000円／年 |
※最安有料プラン・1ユーザー月額・税抜／年払い換算。無料プランあり：2／5サービス（ジョブカン労務HR（マイナンバー管理）・フリーウェイマイナンバー）／無料トライアル：5／5サービス・平均30日。集計対象5件・2026.07時点・当メディア調べ。
マイナンバー管理システムの選び方の要点
マイナンバーが必要になるのは従業員だけではありません。扶養家族の分は年末調整で必要になり、個人の税理士や外部講師に報酬を払う場合は取引先の分も必要です。奉行Edge マイナンバークラウド、マネーフォワード クラウドマイナンバー、セコムあんしんマイナンバーサービスは取引先まで対象にしますが、フリーウェイマイナンバーは従業員のみ、ジョブカン労務HRは従業員と扶養家族が対象です。
マイナンバーは法令で安全管理措置が求められるため、預ける先の体制が費用より重要になる場面があります。奉行Edge マイナンバークラウドはSOC1/SOC2 Type2報告書の取得、FISC安全対策基準準拠、ISMAP登録、JIS Q15001適合を掲げます。セコムあんしんマイナンバーサービスはセキュアデータセンターの独立専用区域に格納し、24時間365日の有人監視と電子証明書による端末認証を行います。他のサービスは料金・製品ページ上で具体的な認証名を記載していません。
当メディアの試算では、10名の年間コストは奉行Edge マイナンバークラウド30,000円（最低月額2,500円適用）、ジョブカン労務HR 48,000円、マネーフォワード クラウドマイナンバー53,760円（最低月額4,480円適用）です。ところが50名・100名ではフリーウェイマイナンバーが23,760円で最も安くなります。21名以上は人数によらず月額1,980円の定額だからです。
セコムあんしんマイナンバーサービスは、マイナンバーを社内に残さず預ける形をとります。本人収集・郵送・預かり代行に対応し、必要なときにセキュリティを維持した状態でデータを提供します。自社で保管する体制を整える負担そのものを外に出したい場合の選択肢です。料金は公式非公開で、第三者の参考価格では初期50,000〜200,000円とされています。
マイナンバーは年末調整や法定調書の作成で使われるため、給与・労務システムと切り離すとデータの受け渡しが手作業になります。奉行Edgeは奉行シリーズとの連携が前提、マネーフォワード クラウドマイナンバーは同社の給与・年末調整と連動、ジョブカン労務HRはジョブカン給与計算・年末調整と連携します。すでに使っているシリーズがあるなら、そこに合わせるほうが運用は単純です。
マイナンバー管理システムの比較一覧（全5サービス）
マネーフォワード クラウドマイナンバー
月額100円〜マネーフォワード クラウドの一機能として提供されるマイナンバー管理。基本料金に5名まで含まれ、6名以上は1名あたり月額100円。給与・年末調整と連携し法定調書へ自動反映する。
奉行Edge マイナンバークラウド
月額125円〜従業員・扶養家族・取引先のマイナンバーを、Webでの本人収集から暗号化保管・利用・廃棄まで一元管理する奉行シリーズのクラウド。初年度は月額2,500円＋1名125円から。
ジョブカン労務HR（マイナンバー管理）
月額400円〜ジョブカン労務HRの一機能としてマイナンバーの収集・管理に対応。1名あたり月額400円（マイナンバー・年末調整等込）、最低月額2,000円。5名以下は全機能無料。
フリーウェイマイナンバー
月額1,980円〜従業員20人まで初期費用・月額とも永久無料の専用マイナンバー管理クラウド。21人以上でも人数によらず月額1,980円の定額。廃棄予定日アラートを備える。
セコムあんしんマイナンバーサービス
要問い合わせセコムのセキュアデータセンターでマイナンバーを社内に残さず預かる専用サービス。物理・運用両面を24時間365日監視。公式に価格は非公開で、料金は要問い合わせ。
「このカテゴリに掲載してほしい」「料金改定を反映してほしい」といったご相談は、 編集部が内容を確認したうえで掲載・訂正します。掲載中のサービスの情報更新も同じ窓口です。